Tünelin maliyetinin artmasına neden olan en önemli etken İtalyan şirkete verilen şartname gereği yayınlanan fiyat farkı kararnamesi. Bu kararnameye göre İtalyan şirkete hak edişleri için dolar üzerinden fiyat farkı ödendi. İlk yıllarda 1,1 olan tırmanış farkı 2005 yılında AKP hükümeti tarafından 2,1'e yükseltildi ve maliyet iki katına çıktı.

İtalyan Astaldi firmasına milyonlarca dolar kazandıran projede sadece tünel için 290 milyon dolar harcandı. Karayolları Genel Müdürlüğü'nün istatistikleri de yolun olağanüstü bedelini ortaya koyuyor. Hesaplar viyadükleriyle birlikte yolun kilometre başına maliyetinin 40 milyon doları bulduğunu gösteriyor. Uzmanlara göre tünel için harcanan ve halen harcanmaya devam edilen para uluslararası inşaat standartlarının da çok üstünde. Proje için uzmanlar "eksiklikler nedeniyle kazalar meydana gelebilir" uyarısı yapıyor.

Tünellerle birlikte 26 kilometrelik projenin içinde 4,5 kilometrelik 4 viyadük, 900 metrelik köprü çalışması da yer alıyor. Maliyetin yükselmesindeyse tünelin kendisi kadar yapılan dört adet viyadüğün de etkili olduğu belirtiliyor.