soL 1972'de Emniyet Genel Müdürlüğü adına okuduğu Siyasal Bilgiler Fakültesi'nden mezun olduktan sonra polis teşkilatına katıldı. Çeşitli ilçelerde kaymakamlık yaptıktan sonra İstanbul Siyasi Şube Müdür Muavinliği'ne getirildi. 1988 yılı başlarında Ankara Emniyet Müdürlüğü'ne atandı. Bu dönemde Semra Özal'ın hiçbir programını kaçırmaması, Ankara dışına çıkışı ve gelişlerinde her zaman havaalanında hazır bulunması nedeniyle adı, "Papatya Bürokrat" olarak anıldı.

Aynı dönemde Turgut Özal'a karşı düzenlenen suikastın soruşturulmasını görevini yürüttü. Korkut Özal Ağar'ın suikastın arkasındaki isimleri bildiğini ileri sürdü.

Ardından İstanbul Emniyet Müdürlüğü görevine atanan Mehmet Ağar birçok gözaltında infaz olayına karıştı, birçok devrimcinin ev baskınlarıyla öldürülmesinin faili oldu.

1992'de de Erzurum Valisi oldu. Bu görevi sırasında 1 Ağustos 1992'de gıyabi tutuklu olarak aranan Bahçelievler katliamı sanığı Haluk Kırcı'nın nikahında şahitlik yaptı. 1993 Temmuz ayında Tansu Çiller'in DYP Genel Başkanı ve Başbakan olmasından sonra Emniyet Genel Müdürlüğü'ne getirildi.

PKK'ye karşı özel ordu
Bu göreve gelir gelmez, Milli Güvenlik Kurulu'na özel timin güçlendirilmesi ve PKK'nin büyük şehirlerdeki finans kaynaklarını kurutmak gibi önlemleri içeren "Terörü 1 yılda yok edecek" bir plan hazırlayıp sundu. Özel Harekat Timi'nin PKK'yi bir yılda sileceğini ileri sürdü. "PKK'ye karşı ülkücü ordusu kurulduğu" iddialarını yalanladı.

Bu konuşmasından 40 gün sonra ise "Özel ordu çok yakında hazır" açıklamasını yaptı.

Görev döneminde yargısız infazlarda büyük bir artış oldu.

Özgür Ülke gazetesinin bombalanmasının 1994 yılında Başbakan Tansu Çiller'in emriyle Mehmet Ağar'ın yönetimindeki "Özel Büro" tarafından gerçekleştirildiği iddiaları MİT raporlarında yer aldı.

Bu dönemde ABD'yle kurduğu ilişkileri Ağar daha sonra şöyle anlatacaktı: "Biz 1993-96 döneminde oturduk, strateji konusunda Amerika'yla meselemizi çözdük. Bürokrat anlamında konuştuk tabii. Ben Emniyet Genel Müdürü olarak, onların en üstleriyle görüşüyordum, karşılıklı."

Mafyaya silah
Mülkiye müfettişlerinin incelemesiyle ortaya çıkan bir skandalda kimi sabıkalı mafya üyelerine yasalara aykırı bir biçimde silah ruhsatı verildiği ve ruhsat dosyalarında o zamanki (ve şimdiki) İçişleri Bakanı Abdülkadir Aksu'nun imzası bulunduğu ortaya çıktı. Müfettişler 400 silahın dosyasının kaybolduğunu ortaya koydu ve mafya üyelerine verilen ruhsat sayısının 2 binden fazla olduğu belirlendi.

Artık milletvekili
Ağar, Başbakan Tansu Çiller'e büyük destek verdi, onu yurtiçi, yurtdışı tüm gezilerinde yalnız bırakmadı.

Ağar, bu dönemde İstanbul Emniyet Müdürü olan Necdet Menzir ile büyük bir çekişmenin de içinde oldu. Aralık 1995 seçimlerinden sonra 28 ay sürdürdüğü Emniyet Genel Müdürlüğü görevinden ayrıldı ve DYP milletvekili olarak Meclis'e girdi.

Adalet Bakanlığı yaptığı bu dönemde cezaevlerindeki devrimcilere karşı baskıları artırdı. Daha sonra İçişleri Bakanı oldu. Bu dönemde cezaevlerinde 12 devrimci açlık grevlerinde öldü.

"Aklanıyor"
1996 Eylül ayında açıklanan ikinci MİT raporunda bizzat Ağar tarafından verilen yeşil pasaportlar ve silah taşıma belgeleriyle özel bir örgüt kurduğu, bu örgütün adam kaçırma, uyuşturucu kaçakçılığı gibi işlere bulaştığı iddia edildi.

Mehmet Ağar, Susurluk olayından hemen sonra polis müdürü Hüseyin Kocadağ'ı savunarak, Kocadağ'ın Abdullah Çatlı'yı teslim olmaya götürdüğünü söyledi. Abdullah Çatlı'nın üzerinde çıkan silah taşıma belgesindeki imzanın Ağar'a ait olduğu Jandarma Kriminal Laboratuvarı tarafından tespit edildi.

İstanbul DGM Başsavcılığı tarafından hazırlanan ve 30 Ocak 1997'de Meclis'e gönderilen fezlekede, Sedat Edip Bucak ile "Cürüm işlemek için çete kurmak, hakkında yakalama ve tevkif müzekkeresi bulunan kişileri yetkili mercilere haber vermemek ve görevi kötüye kullanmak" suçlamalarıyla 6'yla 12 yıl arasında ağır hapis cezasına çarptırılması istendi.

11 Aralık 1997'de dokunulmazlığı kaldırılan Ağar, Anayasa Mahkemesi'nin itirazını reddetmesinden sonra, DGM'de 10 Ocak 1998'de sanık sıfatıyla ifade verdi. Hospro silahlarıyla ilgili yaptığı yazılı savunmada, silahları Korkut Eken'e senet karşılığı verdiğini ve konunun devlet sırrı olduğunu söyledi.

15 Haziran 2000 tarihinde "Suç işlemek amacıyla teşekkül oluşturmak" iddiasıyla hakkında oluşturulan Meclis Soruşturma Komisyonu 8'e karşı 6 oyla Ağar'ın Yüce Divan'a sevkine gerek olmadığına karar verdi ve böylece aklandı.

1999 ve 2002 seçimlerinde Elazığ'dan bağımsız milletvekili seçildi. Aralık 2002'de DYP Genel Başkanı oldu.